Les epilèpsies associades a les malalties minoritàries són individualment poc freqüents però suposen, com a grup, la principal causa d'epilèpsia dels centres terciaris, especialment en el cas dels infants. El seu origen és heterogeni, ja que poden ser causades per alteracions genètiques i/o metabòliques, malformacions en l’encèfal, infeccions microbianes, malalties autoimmunitàries o combinacions d’aquestes.
Les persones amb malalties minoritàries que pateixen epilèpsia acostumen a respondre malament al tractament, poden arribar a tenir centenars d’episodis diaris i sovint presenten greus retards en el desenvolupament psicomotor, així com un increment de la mortalitat. Això genera un fort impacte sobre la seva qualitat de vida i la de les persones del seu entorn, i suposa un repte per al sistema sanitari, tant pel que fa al seu diagnòstic com al seu tractament.