L'autisme és un trastorn complex d’origen orgànic, lligat a una base biogenètica i unes transmissions químiques anormals a nivell cerebral i neurològic, però en aquests moments se'n desconeixen les causes específiques. És possible que sigui el resultat d'una combinació de diversos factors, tant genètics com ambientals, que es configuren en manifestacions molt heterogènies.
Per tant, hi ha diverses hipòtesis: l’existència de causes genètiques, alteracions de la connectivitat cerebral, del sistema immunitari i probablement d’altres sistemes, com també d’un patró de comprensió de l’entorn i de desenvolupament psicomotriu i social que és diferent des dels primers mesos de vida.
Altres explicacions, com la de la implicació de la vacuna triple vírica en l’autisme, han quedat descartades per l’existència d’evidències que indiquen clarament el contrari.
Diferències de gènere
A l'hora de presentar un TEA, s’observen diferències de gènere:
- Només un de cada quatre casos d’autisme es produeix en nenes.
- Pel que fa a la síndrome d’Asperger o manifestacions de TEA més lleus sense discapacitat intel·lectual, l’afectació de les nenes és d’un cas entre vuit aproximadament.